首都博物馆9个内设机构：

办公室

藏品部

保护部

展览部

公众服务部

安全技术部

党建人事部

财务管理部

北京大运河博物馆（首都博物馆东馆）

首都博物馆4个分支机构：

北京四合院博物馆

北京市白塔寺管理处

北京文博交流馆（北京市智化寺管理处）

老舍纪念馆